Χαρακτηριστική παρουσία σε όλα τα Κυκλαδίτικα νησιά είναι τα μικρά εκκλησάκια. Έτσι και η Σαντορίνη διαθέτει περισσότερα από 250, διάσπαρτα παντού, σε όλα τα μεγέθη και τα σχήματα. Η αρχιτεκτονική των εκκλησιών της Σαντορίνης είναι γνωστή για τη λεπτότητα και την πλαστικότητά της. Και τα δύο αυτά στοιχεία πηγάζουν από τη δημιουργική φαντασία των ντόπιων λαϊκών μαστόρων.

-----------------------------------------------------

Παναγία Επισκοπή

Κοντά στη Μέσα Γωνιά βρίσκεται η εκκλησία της Παναγίας Επισκοπής. Χτίστηκε από τo Βυζαντινό αυτοκράτορα Αλέξιο Α Κομνηνό. Το μαρμάρινο τέμπλο της εκκλησίας αποτελεί σπάνιο δείγμα πελέκησης μαρμάρου με κέρινη διακόσμηση. Οι τοιχογραφίες της εκκλησίας χρονολογούνται γύρω στο 1.100 μ.Χ.

Ορθόδοξος Καθεδρικός Ναός Μητρόπολης

Ο ναός κτίστηκε το 1827 στα Φηρά, με εντυπωσιακή θέση στην καλντέρα και θέα προς το ηφαίστειο. Το 1956 κατέρρευσε από τον καταστροφικό σεισμό και αναστηλώθηκε αμέσως μετά. Τις τοιχοφραφίες του ναού επιμελήθηκε ο Σαντορινιός ζωγράφος κ. Χριστόφορος Ασιμής.

Προφήτης Ηλίας

Πάνω από το χωριό Πύργος, στο ομώνυμο βουνό, στέκεται από τις αρχές του 18ου αιώνα το Μοναστήρι του Προφήτη Ηλία. Εκτός από το ξύλινο, σκαλιστό τέμπλο του, το Μοναστήρι έχει στην κατοχή του πολύ σημαντικά παλιά βιβλία και χειρόγραφα.

Καθολικός Καθεδρικός Ναός

Ο ναός κατασκευάστηκε σε στυλ μπαρόκ και ξεχωρίζει από το πολύ κομψό καμπαναριό του. Καταστράφηκε στο σεισμό του 1956 και αναστηλώθηκε αμέσως μετά. Είναι αφιερωμένος στον Αγιο Ιωάννη τον Βαπτιστή και είναι μέρος της περιοχής των καθολικών, στο κέντρο των Φηρών.

Καθολικό Γυναικείο Μοναστήρι

Κτισμένο στην περιοχή των καθολικών στο κέντρο των Φηρών, με 12 καλόγριες διαφορετικών εθνικοτήτων. Το μοναστήρι γυναικών, που ονομάζεται Ροζάρια, είναι χαρακτηριστικό παράδειγμα νησιωτικής αρχιτεκτονικής με χαρακτηριστικά μπαρόκ.

Μοναστήρι Αγίου Νικολάου

Το μοναστήρι είναι κτισμένο ανάμεσα στο Φηροστεφάνι και το Ημεροβίγλι. Ανακαλύφθηκε το 1651 και είναι αφιερωμένο σε τρεις αγίους. Στον Αγιο Παντελεήμονα, στη Ζωοδόχο Πηγή και στον Αγιο Νικόλαο. Το μοναστήρι στεγάζει μια έξοχη βυζαντινή εικόνα του Αγίου Νικολάου.